Wir befinden uns im Jahr 2029.
Major Motoko Kusanagi, ein ultrastarker weiblicher Cyber-Agent, jagt
im Auftrag der Regierung zusammen mit einer Spezialeinheit des
japanischen Innenministeriums den Puppenspieler. Dieser hackt sich
wie ein Computervirus in die kybernetischen Gehirne seiner Opfer und
manipuliert ihr Gedächtnis. Ursprünglich war er ein geheimes
´Project 2501´ des Außenministeriums und sollte der Prototyp eines
virtuellen Agenten werden. Es gelang diesem ´Hacker´ jedoch, seinen
Schöpfern zu entkommen, und nun befindet er sich auf der Suche nach
einem passenden Wirtskörper außerhalb des elektronischen Netzes.
Beide Ministerien machen daher Jagd auf diese allgegenwärtige
Entität und versuchen, sich in einem gewalttätigen Hightech-Rennen
gegenseitig zuvorzukommen.